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Taux de consanguinité

Calcul du taux de consanguinité

--Le coefficient de consanguinité est la probabilité pour que deux allèles que possède un individu en un locus quelconque soient identiques par descendance (source wikipédia). Schématiquement, c’est la probabilité pour que les deux chromosomes d’une paire soient identiques et viennent du même ascendant.

La méthode la plus classique est celle de Wright [Sewell Wright 1992] avec sa formule de base
Fi = Σ(1 + Fa) (½)m+n+1.
Dans certains cas la limitation à 4 ou 5 générations était insuffisante et l'algorithme utilisé produidait des anomalies dans d'autres cas.
Après étude, nous n'avons pas retenu la méthode de Hardiman, facile à utiliser et d'ailleurs mise en place sur des sites internet connus, mais dont les résultats sont à notre avis beaucoup trop approximatifs.

Le calcul de probabilité est évidement simple dans les cas simples (consanguinité sur un ou deux individus), mais devient extrêmement complexe quand il porte sur des lignées qui se recoupent et se croisent sur plusieurs générations. Et les temps de calcul augmentent aussi...

Nous avons retenu un calcul sur 8 générations.

Utilisation

En dessous du taux de consanguinité affiché, il apparait la liste des chiens et leur contribution.
Prenons le cas de Nela de Mendi Añezcar, la chienne championne d'Europe bécasse 2011.

Taux de consanguinité (estimation) : 18.9 %
RADENTIS ALA (2 X 3) : 0.068481
RADENTIS SBRANCO (2 X 3) : 0.067383
RADENTIS BORG (3,3 X 4,4) : 0.032104
DECOR LOT (5,5,5,5,6,7,7,7 X 6,6,6,6,7,8,8,8) : 0.009277
RADENTIS GIAN (4,4,6,6 X 5,5,7,7) : 0.004150
RADENTIS DIDO (4,5 X 5,6) : 0.003906
DUN DEL MESCHIO (6,6,7,7,7,7,7,7,8,8,8 X 7,7,8,8,8,8,8,8,8,8,8) : 0.003113
PINO DI CEREA (6,6 X 7,7,8) : 0.000244
CRISMANI DIK (8,8,8,8 X 8) : 0.000122
DIRO DI SANPAOLO (7,8 X 8,8) : 0.000092
DERK (8,8 X 8) : 0.000061
VIMON REVEL (7,8,8,8,8 X 8) : 0.000031
DAMA 17 (7,8,8,8,8 X 8) : 0.000031
DICH DI VAL D'IDICE (7,8,8,8,8 X 8) : 0.000031
ARNO II DI VAL D'IDICE (7,8 X 8) : 0.000031
-Que représentent les chiffres, par exemple "RADENTIS BORG (3,3 X 4,4) : 0.032104" ?

3,3 x 4,4

Radentis Borg se trouve dans l'arbre du côté père 2 fois à la 3ème génération, et du côté mère deux fois à la génération 4.
0.032104
C'est la contribution au taux de consanguinité (qui varie de 0 à 1), donc ici un peu plus de 3 %.