Taux de Consanguinité, janvier 2011
Nous avons ré-écrit complètement le calcul des taux de consanguinité.
Le coefficient de consanguinité est la probabilité pour que deux allèles que possède un individu en un locus quelconque soient identiques par descendance (source wikipédia). Schématiquement, c’est la probabilité pour que les deux chromosomes d’une paire soient identiques et viennent du même ascendant.
La version d'origine utilisait la méthode de Wright [Sewell Wright 1992] et sa formule de base
Fi = Σ(1 + Fa) (½)m+n+1.
Dans certains cas la limitation à 5 générations était insuffisante et l'algorithme utilisé générait des anomalies dans d'autres cas.
Après étude, nous n'avons pas retenu la méthode de Hardiman, facile à utiliser et d'ailleurs mise en place sur des sites internet connus, mais dont les résultats sont à notre avis beaucoup trop approximatifs.
Le calcul de probabilité est évidement simple dans les cas simples (consanguinité sur un ou deux individus), mais devient extrêmement complexe quand il porte sur des lignées qui se recoupent et se croisent sur plusieurs générations. Et les temps de calcul augmentent aussi...
Nous avons retenu un calcul sur 8 générations.
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